《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
故事发生在一个名为帕帕拉宿的奇幻国度之中，六年级的女孩梦川唯（伊达朱里纱 配音）一直渴望着能够成为一名偶像，然而，成为偶像对于一个平凡的女孩子来说是一件多么可望而不可及的事情啊，虽然所有人都质疑梦川唯的梦想，但她始终坚信，只要不断的努力，总有一天可以将梦想实现。某日，帕帕拉宿竟然开张了偶像主题公园美妙天堂，传闻中超级偶像真中啦啦（茜屋日海夏 配音）也要前来助阵。个性活泼开朗，非常擅长运动的虹色妮诺（大地叶 配音）、风格酷炫特立独行的学姐幸多美知留（山田唯菜 配音）、嗜钱如命的华园秀香（朝日奈丸佳 配音），霎时间，一大批可爱的偶像涌现了出来。
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
像格斗比赛那样面对着敌人，像橄榄球那样和同伴们一起防守，需要有强韧的肉体和精神，不适用任何道具的最冷门运动，其名曰卡巴迪！
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
