《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
樱碧草（高木礼子 配音）只是一个普通的国中生，没想到，未来的他居然成为了喜爱小女孩的萝莉控！不仅如此，他还发明了一种能让女孩子一直保持12岁模样的怪药，因为这种药，未来的世界发生了重大混乱。无奈之下，未来的世界派出了扑杀天使朵库罗（千叶纱子 配音），她的任务是要回到过去扑杀樱碧草以改变未来。可怜的樱碧草就这样不明就里的被狼牙棒打成了碎块，然而，随着一阵呢喃，樱碧草又复活了。明白了事情的原委后，樱碧草提出了一个不用将他杀死也可以改变未来的设想，朵库罗接受了这个设想，于是两人便开始了奇怪的同居生活。
皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。
