《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
故事发生在白垩纪营地事件发生六年后，“努布拉六人组”的成员们努力在岛屿上站稳脚跟，在一个到处都是恐龙和想要伤害他们的人的世界中摸索。悲剧发生后，这群人重新聚在一起，却发现自己陷入了逃亡，并被卷入一场全球冒险，以揭开威胁恐龙和人类的阴谋，并最终了解他们中一个人遭遇的真相。
星野宫子（上田丽奈 配音）表面看来只是一个非常平凡的女大学生，实际上却拥有社交障碍，无法和人正常的交往，因此常常宅在家中，孤独的制作着华丽的Cosplay服装。星野日向（长江里加 配音）是宫子的妹妹，和姐姐阴郁的性格不同，日向非常的开朗健谈，而且深深的爱戴着姐姐。
羊狼们陪同力将军、皓月去到灵熙国，参观传说中能让人奇力大增的麒麟鼎。没想到意外突发，喜羊羊被卷入一场案件之中，危在旦夕。为了拯救喜羊羊，羊狼们游走在灵熙国各大势力中寻求方法。一路上，羊狼们不仅结识了各大势力里性格各异的新伙伴，获得新的奇力武器升级了奇力，还见识了灵熙国不同门派的风俗习惯，经历了许许多多的人情冷暖。最终，在小羊们的努力之下，终于成功拯救喜羊羊。而万万没想到，喜羊羊遭遇的种种磨难，竟然是一个惊天阴谋……
