斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
感到生活无聊乏味的乔恩为了重获新生想找个女友。一次次失败后，乔恩和加菲来到了洛伦佐人格障碍矫正学校，学习如何结交朋友，在那儿乔恩遇到了一位温柔善良的姑娘。。。
大雪覆门，妖修突袭，屠尽墨门，少年路朝歌痛失至亲，绝境之中觉醒绑定逆天系统，靠水系启灵死里逃生，立誓肃清世间妖邪。十年蛰伏苦修，他困于初境寸步难行，一朝契机重启系统，携妹妹路冬梨下山寻灵草破境。途中巧破异兽难题，逆天引九道天道敕令启灵，连破五重境界，还直面剑宗天骄邀战，昔日废柴掌门，自此强势逆袭。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
