斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
在与世界隔绝的博尼湾岛上，天才少女小珍与她的冒险家爷爷和一群恐龙们一起和睦的生活在这里，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捉到恐
这是一部少年英雄成长史，以虚拟的“九州”世界为背景，讲述吕归尘、姬野、羽然等不谙世事的少年历经磨砺与坎坷，执着奋斗，携手互助，成长成熟，并发展出几段撼天动地的友情和爱情故事。北陆青阳部世子吕归尘作为质子来到东陆结识了一直不受父亲喜爱的庶子姬野，以及跟着爷爷避难而来的羽族公主羽然。三个小伙伴在太子学院中因身份原因饱受针对和挑战，在相互帮助和拯救的过程了建立起深厚的友谊，而羽然的开朗活泼洒脱个性也得到两个男孩的暗中倾慕，青涩的爱情正在萌芽。离国霸主赢无翳携天子以令诸侯，吕归尘、姬野、羽然追随一代忠将息衍等人发出正义之师，决战殇阳关，不料殇阳关之战的背后另有大阴谋。危难之际，少年们奋死而战，成长为一代领袖。
