斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
陆天羽重生了，醒来后发现自己身上多了一座城。这座城中，保留着荒古时代无数强者的传承。你是天帝传人？巧了，我从造化之城里得到了天帝的传承，不服来较量一下？龙族至高秘技失传了？没事，造化之城里有，不过想要的话得拿龙女来换哦……
小魔仙夏乐彤、颜可可、白尹玥带着她们的穿梭精灵伙伴，布丁、咪噜和鹿比，守护着灵春之庭、幻夏之屿和暖秋之苑。来自凛冬之崖的守护者司齐，在夜落的蒙蔽和蛊惑下，帮助他突破了冰墙封印。恢复自由的夜落为了获取强大的自然能量，抢夺蝶梦星，企图让黑暗笼罩四季。悔恨不已的司齐为了对抗夜落，加入小魔仙，并进入星缘中学学习知识。开阔了眼界的他，逐渐发现自然的奥妙，汇聚了属于自己的蝶梦星。在这个过程中，他和小魔仙彼此包容，共同对抗夜落，建立了新的羁绊。四季循环，生生不息，最终，她们凭借强大的意志，和守护四季的信念，集齐十二颗蝶梦星，用四季的自然能量，打败夜落，化解了黑暗危机。
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
