C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
宇宙护卫队为应对霹雳率领的超甲恐龙队，全面升级装备：机车可变形为专属机甲，小雨点则能结合动物召唤出特性武器。双方展开科技与智慧的较量，护卫队在战斗中协作无间，不仅帮助动物解决问题，更向它们学习本领，实现共同成长。一次次挫败敌人阴谋的同时，也守护了地球的和平与希望。
系列动画短片《阿巳与小铃铛》，展示了阿巳与小铃铛这对小情侣，令人捧腹的生活小轶事。
