C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
故事主要讲述出身昆仑星的少年术师缇可只身携带龙图来到地球，希望收服24节气守护灵，挽救故乡的危机。阴差阳错之下，龙图落到地球小男孩夏天手里，并承认其为主人。在收服守护灵的过程中，形形色色或敌或友的角色纷纷登场。缇可、夏天结识了众多朋友，也遭遇了重重挫折，同时，隐藏在龙图之中的惊人真相开始逐渐显现。
实验室爆炸，现代灵魂意外坠入大秦，附身身陷天牢的长公子扶苏。朝堂之上，始皇震怒，因扶苏力护文脉、顶撞君威，将其囚禁。帝王要肃清六国邪书、稳固新政，并非毁典籍，却遭扶苏误解。嬴政下最后通牒：令扶苏亲督整肃，事成则赦，不从则严惩。
