C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
不是全部。然而，埃利亚斯，智世能够接受自己了。卡塔菲鲁斯睡了一会儿，致恢复日常生活的她,到达的是魔术师的,这是对互助组织“学院”的邀请。大英图书馆的地下室...与以往不同的魔法师社会。与“人”的相遇和互动打开一扇新门。这是一个拯救我（你）的故事。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
过去萦绕在风险投资大楼里，真是令人难以置信。一场驱魔仪式能解决一切吗？与此同时，汉克被暴徒们逼迫，要他与黑帮老大的女儿断绝关系。
讲述少年少女驾驶「有人驾驶的无人机」于「不存在的第86区」奋战，少年「辛」，与透过特殊通信指挥作战的指挥管制官少女「蕾娜」壮烈而悲伤的战斗与离别的故事。
