C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
三谷裳千绪（太空直美 配音）是就读于鲛岛学园的平凡高中一年级女生，无论是样貌、性格或是成绩，都只能用平平无奇来形容，然而千绪本人非常享受这种低调闲散的状态。在家里，千绪是个标准的游戏宅，总是沉迷于各种各样的欧美角色扮演游戏之中。千绪的家离学校并不远，所以每天千绪都依靠走路上学，奇怪的是，每一天，在千绪的上学路上，似乎有什么在冥冥之中阻挠着她抵达学校，状况百出，麻烦不断，而千绪兵来将挡水来土掩，最终总是能够化解危机。和千绪一起上学的，还有和千绪互相嫌弃的青梅竹马野野村真奈菜（小见川千明 配音）和田径部王牌细川雪（本渡枫 配音）等人。
白云川市。一个除了学园都市之外，毫无特色的城镇。人们努力振兴城镇，吸引游客，但一切努力都失败了。然而，他们最终却以意想不到的方式吸引了公众的注意。一个行事粗鲁却又责任心强、干劲十足的可靠青年。新海翔。他原本过着普通学生的平静生活，但当白蛇津云神社的神器遭到破坏时，翔的日常生活发生了改变。在阴影中，存在着觉醒了超能力的少年少女。他本应只是生活在毫无特色的城镇里的另一个普通学生。他卷入了由拥有超能力的人展开的奇异命运……
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
在末世中挣扎苟活的叶鸣，在生命停止的瞬间，他回到了十年前那个一切开始的下午，熟悉又陌生的城市，轰鸣而来的神秘战舰，充满未知的轮盘，还有各种可怕的诡异生物。和前世不同的是，叶鸣这次下定决心，带着他十年的末世生存经验坚强地活下去！他要找寻末日轮盘和诡异降临的答案，不负重生！
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
