C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
程恪为追寻艺术辞掉原有工作，与江予夺不打不相识，还成了他的房客，从此开始了新生活。这两个不同工作领域的陌生人一开始冲突不断，从相互嫌弃到互相理解，通过努力和奋斗，各自收获了成功，朝着美好的未来前行。
一名没带伞的女子在下雨天回家时，在路边的一个盒子里发现了一只自称是狗的狸猫，还翻出写有“我很好养”的标语。尽管不能确定物种，但无碍其身上发出的既可爱又多才多艺特质。不幸的是，女子没有时间养宠物，正当她要离开之际，“狗”递给女子一把折伞。最终该女子开口说道：“要来我家吗？”从此一日一“狗”的故事正式展开。
