C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
这部动画冒险剧集改编自畅销少儿电子游戏系列。 本剧讲述了一群友好的天空战士保护家园的故事，他们面对的敌人有邪恶头目混沌和险恶的末日奇兵。 斯派罗和他的伙伴暗影及霹雳火是从学院毕业的学员。他们接受了智慧的伊恩大使和鹰爵的教导，学会了如何成为英勇的天空战士。 第 1 季中，斯派罗学习如何控制他的鲁莽脾性并不再狂妄自大，同时其他毕业生们面临着保卫家园的能力和责任。 随着时间的推移，新老天空战士们都学会了如何齐心协力解决问题并最好地使用他们的能力。 但混沌和末日奇兵前来袭击学院，天空战士们必须在伊恩大师病倒的时候经受住这番考验。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
纪元前，在中国西方的秦国，年轻的千人将·信曾与已故的好友有着「天下的大将军」这一共同的梦想，而至今仍以此为目标。 此时，秦国成功攻陷了军事上最重要的据点山阳，并由此向中华统一又迈进了一步。但，对于可能改写七国势力图的这一手感到危机感的赵国天才军师·李牧，以楚国宰相·春申君为总大将，楚、赵、魏、燕、韩、齐六国兴起合纵军，开始进攻秦国！ 面对前所未有的危机，秦国集结所拥有的全部武力，迎击合纵军！！
