世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
东方月初获得一气道盟比武大赛的冠军时，涂山正面临严峻的考验。黄风岭大当家金麟灵的兄弟被人类所杀，涂山红红力推的妖盟陷入困境。为了向人妖和平的目标继续努力，红红只身前往黄风岭。在那里，是凤牺精心布下的陷阱……
