世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
主人公小俊意外认识了来自马奇纳星球的警车机器人——炫蓝闪电，并得知地球上现在潜伏着很多来自马奇纳星球的炫卡斗士。为了地球的和平，勇敢的小俊和炫蓝闪电一起踏上了封装炫卡斗士的冒险旅途，寻求人类和炫卡斗士和谐共存的方式。小俊因此结识了各式各样的炫卡斗士，开展惊险刺激的冒险故事……
