世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
一轮诡异红雨在全球同步降临，红雨中携带着一种诡异的病毒，无数人类动物因为感染病毒而变成丧尸。叶辰前世在末日中求生多年最终也难逃被女友背叛，被情敌石雄用鱼叉剌死的命运，被对方夺走了他的一切。这一世叶辰重生于末世来临前的第九天…
