世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
故事发生在人类与魔法师势不两立的两个世界中。人类居住在名为「洞穴」的城市中，而崇拜恶魔的魔法师则居住在「魔法师的世界」中。魔法师称人类为「废物」，人类则称魔法师为「怪物」，彼此仇视。魔法师利用自己的魔法制造出连通两个世界的「门」，以「洞穴」的人类作为练习魔法的实验品，而饱受其害的洞穴居民亦大肆反抗着魔法师。主人公开曼就是「洞穴」的魔法被害者之一，开曼因为魔法的缘故头部变成了蜥蜴，同时失去了一切记忆。然而开曼的身体却因此拥有魔法无效的免疫力。为了追寻记忆并恢复原来的长相，开曼与好友二阶堂开始了狩猎魔法师的行动。而「魔法师的世界」的杀手也出现在「洞穴」中，厮杀一触即发……
