《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
魔法王国的公主希娅拥有独特的宝石眼，她发现自己的梦境似乎能预言未来——在十八岁生日当天，她被卷入一场惊天阴谋，父亲险些因黑魔法丧命，自己也被放逐远方。随着希娅长大，命运中的人物相继出现，内敛冷酷的父王、自恋毒舌的魔法师、忠心耿耿的骑士、温柔腼腆的公爵独子、渴望亲情的女孩……勇敢善良的希娅能否逆转命运，守护自己和所有珍爱之人呢？
地球灵气复苏，强者崛起，少年林天却因爱人背叛惨死，连挚友也受牵连含恨而亡。临死前，他觉醒神秘灵气系统，意外重生到灵气复苏前夕。怀揣前世的痛苦与仇恨，林天誓要改写命运，守护挚爱，踏碎仇敌！踏上巅峰！
佐仓羽音（上田丽奈 配音）是刚刚进入高中，即将展开崭新的高中生活的十四岁少女，在开学的第一天，羽音在机缘巧合之下目睹了一辆风驰电掣的摩托车从自己的身边驶过，就此一发不可收拾的对帅气的摩托车产生了浓厚的兴趣，甚至就此加入了学校里的摩托车部。个性认真而又谨慎的铃乃木凛（东山奈央 配音）、虽然看上去大大咧咧但一遇到有关摩托车的事情就意外的认真的田野恩沙（内山夕实 配音）、身为有钱人家的千金小姐但却格外渴望成为不良少女的三之轮圣（山口立花子 配音）、沉默寡言一切都是谜团的川崎来梦，和这些少女们一起，羽音骑上了专属于她的摩托车。
