《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
为拯救苍古世界，轩辕小豆与伙伴前往水之国度寻找传承。然而，看似唯美的海底城竟是反派精心编织的致命陷阱。面对重重危机，小豆挺身而出。在深渊的严密封锁下，她带领伙伴们直面生死试炼，开启了一场惊心动魄的海底冒险之旅。
沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
游戏降临，世界规则重构，人类踏入全民转职时代。天才少年叶尘觉醒隐藏职业死灵法师，遭众人嘲笑其消耗寿元。然拥有不死之身的他，召唤黄金亡灵军团、骸骨巨龙，更让魔王撒旦降世，令世界震惊。
