《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
深渊中，魔物冲出深渊，人类召唤英灵侵害对抗，楚休觉醒了英灵里最低级的灵器，被父亲唾弃、被少年弟弟感动、被众人为之，却凭借金手指万魂拂乾坤，不仅追查了屠杀自己深渊的人，同时还查到了母亲死亡的原因，并找到了母亲的真身，解开邪神教会不为人知的秘密，最终成为蓝星守护者。
在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
曾折断无数同龄球儿之心的、日本第一的初中生投捕组合·清峰叶流火和要圭，面对来自全国74所名门高校的热情挖角，竟然悉数拒绝、从此销声匿迹……并且出现在一所普通到不能再普通、且没有棒球部的都立高校？背后的原因，竟然是因事故失忆的要圭？
“你能，和我组一辈子乐队吗？”
