突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
不擅长与人交流、性格腼腆的马库斯在一场乌龙中意外成为了“神秘学事件对策部”的负责人。面对星锑、兔毛手袋等一众行事乖张、性格跳脱的怪咖同事，原本连大声说话都会紧张的马库斯，能否在危机中挺身而出，成为凝聚这支奇妙团队的主心骨呢？——看似古怪的他们……实际上真的“不靠谱”吗？
