突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
北域剑神沈追镇守人界北域八年，奉师命赴冀州履约成亲，本欲退婚寻找幼时救命恩人，却发现未婚妻正是苏清月。苏家众人轻视看似文弱的沈追，苏家又逢苏父重伤、权臣谋夺王位，内忧外患。沈追决意报恩相助，追查中揪出苏家内鬼，查获官员私通匈奴、邪修渗透的阴谋，亮出身份震慑各方，化解危机，也慢慢打动苏清月。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
在一片终日不见光明的大陆“琥珀之地”上，有一个神圣的职业——信蜂。在这片人工太阳照耀不到、蔓延着黑暗的危险之地，信蜂赌上性命也要为国民递送重要的“信件”。高修（福山润 配音）就是一名优秀的信蜂，这天他要送递的“信件”是一名叫拉格（泽城美雪 配音）的少年。拉格的母亲于某日被一群陌生人强行带走，拉格的母亲将他作为信件，送往外海小镇的婶婶家。运送途中，拉格为高修那颗坚强而温柔的心所吸引。因为崇敬高修，拉格决心要成为一名优秀的信蜂。12岁时他通过考试成为信蜂，却意外发现高修已经不再是信蜂，而且失去了“心”，下落不明。拉格踏上信蜂之路，递送着人们“心”和“希望”的信件，他要找到高修……
