突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
在前两季里，小咖结识了一群秘密的朋友：来自未来的汽车变形机器人——咖宝车神，它们只在小咖面前才会露出庐山真面目。咖宝车神们凭着超群的高智能和先进的未来科技，发挥神奇力量，帮助小咖战胜各种困难，并时刻守护着他。小咖和咖宝车神们经常秘密地帮助着人们，经历了许多有趣又惊险的故事，小咖也因此收获了不少经验值。假日的一天，小咖一家到海边游玩。小咖发现了一只迷路的小动物和妈妈分开了，他照料好小动物，并帮助它回到妈妈身边。次日清早，小咖发现远处的海上有轮船正在冒出滚滚浓烟，不断拉着汽笛求救，情况危急，小咖立刻召唤出咖宝车神，一如既往地发挥他的分析力、领导力和协作力，指挥咖宝车神及时展开海上救援，咖宝车神施展最强本领，使用炫酷的未来装备解决危机……在新的一季中，小咖将会迎来怎样的挑战和更多有趣的奇遇呢？
