突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
热爱科学的小男孩尼克，在3D打印机上创造了拥有智慧的机器人，并成为了他的小伙伴。机器人小伙伴们个性迥异，都有特别的“功能”，和尼克有着深厚友情。他们会为谁是尼克最好的朋友而争吵，他们经常试图帮助尼克，但常常帮倒忙而让事情更糟糕，但只要他们团结在一起，发挥各自长处，往往就能实现了不起的成就。
