突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
主人公小林是一位女性系统工程师，某天她喝酒喝的很醉兴冲冲的跑到了山上遇到了一头龙，酒醉之下的小林对着龙大倒苦水。听到龙说自己无家可归时，小林趁着酒意开玩笑的说“那你就来我家吧”，之后龙真的就跑到小林的家里，并且还变成了一位女仆——于是一位龙女仆和小林的同居生活就这样开始了……
