突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
为了迎接新的家庭成员，猪爸爸和猪妈妈不得不准备搬家。在兔小姐的带领下，佩奇一家看了很多套房子，却没能找到合适的温馨住所。就在猪妈妈发愁不已时，佩奇突发奇想，提议自己和乔治可以住屋顶，让小宝宝住原来的房间。猪爸爸和猪妈妈受此启发，决定对现有的房子进行扩建。随着小宝宝的降生，佩奇一家的生活也在发生着变化，这个新成员如同一束温暖的阳光，也为佩奇和乔治带来了很多的惊喜。
