突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
姜照雪替嫁废天君谢无妄，婚宴未成就被亲姐姐姜明鸾推下云海祭台。坠入空境神殿，她觉醒真正的神女之力，带着母亲留下的真相重返九重天。命灯验身、云桥试炼、归墟取旗——层层揭穿天后百年骗局：所谓"补天献祭"，不过是抽取神女性命供养神座的阴谋。谢无妄以残魂为代价拆毁神座，姜照雪当众证明天裂是伪造的假象，带着三千残兵重建九重天，同时收集谢无妄散落的残魂——她会等他回来，哪怕要一千年。
