人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
诸葛双双是个性格活泼外向，热情友善的小学生，在与伙伴们的相处中，她总是最积极主动的那个人，能快速与他人建立良好关系。诸葛双双还有着远超同龄人的高情商，作为一名“社交小达人”，诸葛双双善于与不同性格的小伙伴相处，还能很好地协调团队成员之间的关系，促进团队的和谐与团结。在面对各种问题和挑战时，诸葛双双总能想出新奇的办法解决，当同学们因为各种事情发生争执时，她能快速地想到最合适的调解方式，让他们握手言和；当体育老师遭受来自机器人的威胁和挑衅时，她和小伙伴们挺身而出，打败了机器人；她也和女生组建足球队，击败来挑战的对手。在这些看似平凡的日子里，诸葛双双和小伙伴们一起度过了愉快的童年时光，也得到了成长。
樱花静静的飞舞着。浅粉色的樱花终年绽放的岛。
童桦和妈妈住在一幢大房子里，懂事的童桦很早就学会独立生活。一个叫濮今熙的女孩子闯入了他的生活，这使童桦极不习惯，他用尽一切办法与今熙斗智斗勇，想迫使其自行离开。但每一次，今熙总能应付自如，让童桦自讨没趣。随着时间的推移，他们慢慢由对立变成理解，开始包容对方，美好的青春故事由此展开新的一页。
