人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
地脉方兴，天荒欲破。天荒世界，人族只是无比弱小的族种，面临严峻的生存危险，又是其他种族的血食。人族四大守护年事已高，还没能找到合适的接班人，最后四人决定，将自身的血肉融入天荒大地，凭天地意志选择新的接班人。数年之后，姬水村的第一天才——姬小发为神秘女子禹雪所骗，失去了自身的命轮，从而沦落为废人，彻底自暴自弃。这一天，护神山的人来到了姬水村，他们接走了资质出众的孩童，以作为下一任的护神山接班人。姬小发命轮破碎，无法一同前往，便只好前往狐爷家，进行修炼。另外一边，荒蛮野兽正在肆意入侵人族部落，一个接着一个的强大反派正慢慢得袭入人族部落，姬小发所面临的彼岸，又将会是什么？
