人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
中都凌霄阁试炼弟子兼扫地小厮杨开因资质不佳被贬为试炼弟子，三年内若无所成就将被逐出宗门。杨开偶然间获得了神秘石枕，开启了傲骨金身等神秘技能，在其后不断修炼，以其少年人坚韧不屈的性格突破自身极限，最终站到了传承洞天的顶端。杨开与苏颜一同继承了玄妙功法，接续开启他成为传奇触及武炼巅峰的故事。
