人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
身负蛟龙血脉的李向天，被青梅竹马林菲儿勾结十大皇府之一的司徒血污蔑陷害，强行夺去了他的蛟龙血脉，将他关在铁牢挂在城墙三年，任人耻笑，打骂。幸好一位来自上位面的叶妃灵经过这里，收他为徒，带走了他的神魂，游历诸天万界几百年，收集功法秘技，增长见识。三年后，李向天神魂回体，携七条诸天最强血脉，十二种巅峰职业技能，三十六套万界至尊功法，七十二门玄妙最强绝技，一百零八道混沌法则强势归来！誓言要将曾经残害过他的人一个个踩在脚下。
艾恩是一名【鉴定师】，一个只有【鉴定】才能完成的弱势职业。同辈们都叫他“垃圾收集者”并虐待他，他自不量力，过着卑微的生活。当艾恩遇见世界树之灵尤里和世界树的智慧守护者乌苏拉时，他的命运发生了巨大的变化。艾恩从尤莉手中得到灵眼，并接受乌苏拉的特别训练以掌握灵眼，实力逐渐增强。为了实现尤莉的愿望“与世界树的其他姐妹见面”，他踏上了旅程。凭借天生的善良和新获得的勇气，他克服了各种挑战。
