人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
美星、小月、菲洛三位魔法少女历经环境与人事变迁后，各自走上截然不同的职业道路。这时，由王子所建立的“星阁”正好面临着重组王国王庭的局面。却不料，重组过程中各方势力纷纷展开波诡云谲的斗争，美星、小月、菲洛在家族与权威力量的影响下，被卷入这场角逐，不得不为各自家族的利益而明争暗斗。最终她们在无止境的斗争中寻回真挚的...
