人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
王尘转职公认弱势巨型御兽师，遭全校子弟嘲讽，低价购入三只普通冰蜥蜴，意外融合诞生祖神冰龙冰清。高考试炼他身着普通黑铁装备，单人五十八秒通关地狱难度副本，震惊全场。顶尖学府争相抛出高额培养资源，炎龙教务长破格收他为徒。后续他购入残缺狐宠，融合出九尾天狐酥酥，二人携手闯秘境，接连挫败世家子弟的刁难，收集诸天战场残图碎片。
冥王渊客陨落，重生在废柴少年秦渊身上。前世遭天神会联手围杀，今生他立下血仇必报之誓。面对财阀轻视、联盟算计与伪神觊觎，秦渊觉醒幽冥法则，手持冥王之镰一路碾压。从惨遭退婚的废物，蜕变为执掌龙渊的暗夜帝王。他吞噬生命之树本源，斩杀天神会诸神，终结众神时代。世间无需神明，我，便是生死法则。
