人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
和身为学生会会长，在学校里处处受人瞩目的姐姐夜之森红绪（松井惠理子 配音）不同，无论是外表还是性格，夜之森小红（照井春佳 配音）都只能用“普普通通”来形容，然而，在十六岁生日那天，家中的两位不速之客彻底改变了小红平静的生活。沉默寡言，存在感薄弱的三峰白夜（羽多野涉 配音）和个性傲娇逞强的妹妹三峰真白（吉田有里 配音）成为了小红家里的住客，而白夜的另一个身份，竟然是小红的未婚夫。不仅如此，白夜还成为了小红班级里的转校生，就连在学校里也如影随形！家里突然多了两个人，什么事情都变得复杂和麻烦起来，面对这突如其来的状况，小红会怎样应对呢？
中国古典神话传说中的“著名”精怪是如何在现代社会生存下去，他们成为了我们身边有着神仙特色的宅女、暖男、上班族、犬系男友，他们上演着生活中搞笑而怪诞的小故事，关乎快乐、关乎友情，在我们平凡、忙碌的日常构建了不可思议的二次元神仙幻境。
