人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
不会有什么有趣的事情发生吗？虽然智子心里发牢骚，但她自己并没有真正做任何事情，而是和小优以及突然闯入的黑帮（至少她是这么认为的）一起度过了慵懒的中学生活。有一天，智子用她找到的钥匙潜入了禁区屋顶。当我享受着一种奇怪的自由感时，一个我不认识的低年级学生偷偷溜到了屋顶上。智子非常慌乱，行为开始变得奇怪。
