《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
嫡女元倾澄被未婚夫程文泰与表妹元衣瑶联手杀害，幸得古若尘出手相助，换脸之后，以礼仪老师的身份重返元府，开启复仇之路，在陷害中力挽狂澜，在刺杀中以弱胜强，但最终双拳难敌四手，而这时古若尘的真实身份出现，他竟然是当朝……
1945年，美籍华人米兰妮逃进了中华民国驻英大使馆，她带来了雅尔塔密约的情报。武官梁铜智慧地迫使雅尔塔协议公开，震惊了世界。蒋介石为加强对政权的控制，不惜与日本人议和。共产党方面为了民族的长远利益，坚决反对独裁。梁铜作为共产党员，发现了阴谋并传递给上级。梁铜向上级汇报了国民党的接收计划，为中共进军东北提供了必要的参考。国民党背弃“双十协定”，内战爆发。我华东、中原野战军一把抓住正在南逃的黄百韬兵团，而梁铜按照共产党的指挥，利用在国民党高位进行部署，使得国民党军队的战场形势更乱。国民党军队一个一个被分割消灭。梁铜，最终率部在四川起义，从而打破了国民党“防守四川，等待时局”的妄想。
民国4年，袁世凯意图称帝，政局动荡是年秋，吴淞镇大火，灾民数以万计，本就鱼龙混杂的吴淞镇显得更为动荡不安。因地方善款筹集，吴淞镇重修居民，却在某宅架梁时出现意外，期间爆出一具男尸，其状诡异，引得镇上流言纷起，镇民惶恐，募资请僧道做法驱邪超度，期间亦有江湖术士混事，搅得镇上一派乌烟瘴气。镇保卫团团长陆悦戎行伍出身，最是不信神鬼之说，，见此情形不由大怒，一面下令驱散僧道术士，一面差人找来镇上义庄仵工吴云根、柳归元师徒，命其验尸查明死因，以正视听。镇上落魄乡绅少爷石乐志少年游历颇广，得知此案后便赶来查看，又见陆香邑在场，欲有所表现，当下一味指点评说，言语间对吴云根、柳归元师徒颇为不屑。吴云根对此不以为意，自顾检验死者身上的绿芽，神情颇为震惊，继而借故推托似有隐情，期间语焉不详。
现代女孩成苏叶满脑子稀奇古怪的生意经，可惜无处发挥。她误入神秘人叶拾一的酒馆，穿越进经商游戏的古代世界野狼城。成苏叶可以在此地行商，实现自己的梦想，作为交换她要查清“青郎”之死的原因。野狼城迷信大祭司的力量，百姓讳疾忌医。成苏叶从天而降，被百姓当成可以驱赶病魔的神女。为活命，她只好假装神女，与来自中原的神医竹石祯合伙治好了城主的顽疾。成苏叶与竹石祯一个是来自现代社会、满脑子生意经的“奸商”，一个是深受儒家文化影响、励志悬壶济世的“仁医”，二人的合作从一开始的鸡飞狗跳到默契渐生，直至擦出了爱情火花。同时，野狼城的王子哈克对成苏叶一见钟情，展开了热烈追求。成苏叶调查青郎的过程中，发现了大祭司篡权的阴谋，遂与竹石桢、哈克联手，对抗大祭司及其背后的势力，守护了野狼城的安宁。
