《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
故事置于十九世纪末的华沙。满怀勃勃野心的富商斯坦尼斯瓦夫·沃库尔斯基一心向上攀登社会阶梯，对伊莎贝拉·伦茨卡萌生了近乎执迷的爱恋，这份痴恋成为他叩响上流世界大门的契机。伊莎贝拉竭力挣脱贵族秩序对女性的重重桎梏，在剧烈变动的时代之中寻觅属于自身的位置。 横亘在二人之间的，是难以逾越的阶级鸿沟、蚀骨的执念、对自由的渴求，以及财富那令人目眩的蛊惑力量。本剧并非原著小说一字不差的复刻，而是一次当代视角的重新诠释；在经典主线之上，新增侦查追查、家族秘辛、人物利益冲突等叙事线索。爱情于此不再仅仅是儿女情长，更演变为一场关于权力、欲望与自我归属的博弈，描摹出旧阶级秩序行将崩裂之时，个体梦想走向毁灭的苍凉图景。
民国十二年，庭州酒业大亨易家的二少奶奶暴毙，易家咬定二儿媳是被当地名医冷秉坤滥用药物害死，买通警局将他收押。冷如意惊闻父亲锒铛入狱，四处求助未果，家中药铺又继而被砸，如意走投无路，无奈答应易家提出的条件——以冲喜名义嫁给刚刚丧妻的病秧子二少爷易思文，本想做缓兵之计，以换得父亲平安，殊不知，此乃易家千日酒坊为获得冷家祖传的药酒秘方所设之局。虽做好了心理准备，但大宅院的冷漠还是让如意无法适应：长年卧病在床的丈夫思文对她视而不见，公公严厉钻营，婆婆表面吃斋念佛实则哀怨狠辣，长嫂对如意姐妹相称却如敌相对，小姑子古怪刁钻与其争风吃醋，半夜里神秘老屋里常有疯女人发出凄厉叫声，加上各种古板苛刻的规矩，一切的一切都令如意压抑得想要逃离。在这样错综复杂的大宅院中，如意将如何处理好各种繁杂的关系，找到自己的位置？她能否解开大宅中每个人的心结，治好他们的心病？老屋中的疯女人又是谁，这背后有什么隐情？她和丈夫思文的关系又会如何发展？昔日的恋人陆少琪留学归来，得知事情原委，放下大好前程到易家酒坊做了主管，准备找机会带如意离开。一边是拜过天地情愫渐生的丈夫，一边是待之情深意重的恋人，如意该如何选择？军阀肆虐，酒坊倒闭，民不聊生，易老爷痛失长子，临危受命，将酒坊托付給了如意和思文。如意能否不计前嫌，破除军阀的压迫，赶跑恶势力，重振千日酒坊？在滚滚的历史洪流中，如意又将铸就怎样的传奇？
1940年，作为反法西斯战争最重要战场之一的中国战场，进入到中日双方相持阶段。为加快对中国的侵略，日军正秘密策划一场骇人听闻的细菌战，为此日军决定加快细菌武器的研究。只身从南京大屠杀逃生的医生金深水，流落到日军设立的“保甲模范区”桃花镇。金深水无意中救了生化专家白大怡，不料却是一系列波谲云诡事件的开端。桃花镇歌舞升平的面纱被逐渐掀开，惨无人道的细菌人体实验、恐怖致命的人脑控制药物实验等一一浮出水面。在党组织的指导下，金深水巧妙地周旋于狡猾如狐的敌人中，几度出生入死。最终，在对日军同样有着国仇家恨的女医生林婴婴以生命为代价的掩护下，金深水联合新四军、游击队，彻底消灭了桃花镇的日军，同时揭露了日军利用人体进行细菌实验的种种罪行。金深水更从一个普通爱国青年成长为一个优秀共产党员。
悬疑话本戏书生梵珞珞女扮男装来到邺城衙门当捕快。竟遇到隐瞒身份来此调查军械失窃案的大理寺少卿顾阡陌。两人开启了火力全开的同僚同居日常，伴随着一个个真相浮出水面，爱意也同样在两人心中滋生蔓延开来……
1937年末，南京沦陷。在日军的连天炮火和一轮又一轮坦克碾压中，侥幸生还的上等兵俞显扬，从尸体堆里醒过来的第一眼，就盯上了正在对无辜百姓疯狂杀戮的一队日军，他牢牢记下了那一张张狰狞的嘴脸。从南京到苏州，俞显扬穷追不舍，一直跟踪这一队日军进了姑苏城。 俞显扬一个人的狙击复仇，引起了重庆派驻苏州的特派员曾楚南，驻苏南新四军特别支队大队长郭建光的注意，两人都有意把俞显扬招募于属下。但是，俞显扬却无暇选择隶属于谁，除了一心复仇，他此时又多了一个心思——护碑，他不能眼睁睁看着寒山寺的镇寺之碑——每一个苏州人都引为骄傲的“枫桥夜泊”古碑被日本人窃为己有、运回东瀛奉送天皇。 大家全抱着一个心思：寸土寸碑，皆属中华，无论如何也不能落在小鬼子手上！ 俞显扬又率新四军和红刀会一众抗日兄弟，跑旱路、绕水路，跟踪鬼子运送诗碑的队伍，从苏州到南京，终于在下关码头设下埋伏，最终夺回诗碑！而俞显扬亦手刃杀害自己养父母的凶手渡边，终报血海深仇！
拥有独特鉴石能力“玉佛手”的魏见好初来曼城，原本是想找女朋友胡希里，却不曾想误打误撞结识了宋氏集团大小姐宋淮熙，并意外开启了一段充满挑战和极具惊险的旅程。不仅宋氏董事长宋行对魏见好颇为赏识，连利益为上、跟宋氏亦敌亦友的徐刚也对魏见好产生兴趣，并且魅力多金的成熟女人顾飞燕也向魏见好打起了情感直球……面对种种诱惑，魏见好又将如何选择？
