《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
镇国公千金南宫楹与太子苏无恙青梅竹马，然而她却杀了他两次……
该剧主要讲述了第九医院的神经内科主任丁学坤意外身亡，远在瑞典留学的精英西医儿子丁远志与多年在外的中医学徒韩西林回到九院，共同调查死因真相的故事。在追求真相和救死扶伤的过程中，两个年轻医护工作者从最初的磨合到最终彼此放下隔阂，相互扶持，将传统中医诊疗手段和现代西医技术有机结合，解决了诸多疑难杂症。两人致力于弘扬中医药文化、推进中西医结合创新诊疗，共同历经了坚守与成长。
