《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
无夏城天香楼，一个是厨艺倾城俏皮掌柜朱成碧，一个妙笔生花账房公子常青。朱成碧生性贪吃，任何食材都能变出花样，如鲛人鲙、胡眼蜂、掌间珠、天地春、芙蓉焰、无肠公、双生菇、同心签、千齑面…而这一道道菜亦是一幕幕人间悲欢离合，爱情、兄弟情、夫妻情、母子情、家国天下的危机……两人皆被牵扯其中，尝遍冷暖。两情相悦的两个人即将命运殊途，此番深情何去何从？
讲述因为众多的谎言与欲望交织在一起后失踪的少女，被牵连的7人相互遭遇后发生的故事。
混迹码头的帮会成员林昔，因一把钥匙被迫卷入了军统与日本侵略者之间的情报战争中，因此也与好兄弟李云飞共同结识了进步女学生苏楠及正直有原则的军统特工周应群。钥匙背后的真相层层剥落，帮派之争、家国之乱也随之而来。纷争中，林昔、周应群和李云飞历经生死，成为兄弟；林昔对苏楠萌生了爱情，产生了对共产主义信仰的向往。七年过后，散落于天涯的三兄弟重聚于锦州，再相见时三人地位也已天差地别，三人各怀目的，在情报战场上为各自所代表的的阵营相互争夺。新仇旧恨，理想相悖，在情报之争与枪林弹雨中，三兄弟坦然接受各自的命运，释怀选择，相互和解，用血与肉、极致爱恨、至高理想，破解了敌人的阴谋,坚守了自己的心中理想与信念。
一桩20年未破解的少女谋杀谜案在20年后同样案件再度发生，它唤起了似乎已经平静的小城人们的记忆，曾经年少的山峰（宋洋饰演）成长为警察回到小城。因无法抹去的痛苦记忆让山峰再度追凶，在他寻求真相的过程中发现不仅仅自己，所有当年牵涉其中的人都因这桩20年前的谜案产生了翻天覆地的变化。江边小城夜色如水，雾气弥漫的追凶路上，一次次人性的拷问，一场场预想不到的危机与答案。
