自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
为了变强在之后的族比中击败林琅天，林动、小貂和小炎一同踏上修行之路，一路上惊险不断。在小貂的指引下，林动最终来到大荒古碑，成功获得了吞噬祖符的线索，并且在林琅天和众多强者的角逐下成功获得造化武学，大荒囚天指！
