自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
住在安第斯山脉的印第安男孩佩佩罗在十岁生日的第二天目睹了传说中的“黄金秃鹰”，并踏上了前往黄金城埃尔多拉多的旅程，据说那里有可以拯救穷人的宝藏。这次旅程也是为了寻找七年前前往黄金国后失踪的父亲卡洛斯的下落，以及在看到“黄金秃鹰”那天遇到的女孩奎娜失去的记忆。
艾恩是一名【鉴定师】，一个只有【鉴定】才能完成的弱势职业。同辈们都叫他“垃圾收集者”并虐待他，他自不量力，过着卑微的生活。当艾恩遇见世界树之灵尤里和世界树的智慧守护者乌苏拉时，他的命运发生了巨大的变化。艾恩从尤莉手中得到灵眼，并接受乌苏拉的特别训练以掌握灵眼，实力逐渐增强。为了实现尤莉的愿望“与世界树的其他姐妹见面”，他踏上了旅程。凭借天生的善良和新获得的勇气，他克服了各种挑战。
万世轮回，世世灭门，万世至亲！无一生还！这一世，记忆苏醒，我，谭云，曾经的鸿蒙至尊，定要让欺辱我至亲的人，付出血的代价，整个世界都会在我的脚下颤抖！
平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
