自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
君原姬乃（深川芹亚 配音）是一个个性十分温柔和蔼的平凡高中女孩，然而，和其他女高中生不一样的是，姬乃是拥有一半人类身体和一半马的身体的半人马族。虽然过着和普通人类一样的生活，但实际上，姬乃对自己独特而又庞大的体型十分的在意和苦恼。大大咧咧开朗活泼的龙人狱乐希（桑原由气 配音）、成熟稳重总在关键时刻扮演军师角色的角人名乐羌子（白石晴香 配音）、天生就拥有着领导的气魄的翼人御魂真奈美（镰仓有那 配音）、理性沉稳的南极蛇人萨斯萨斯索（绫濑悠 配音），这些半兽人们都是姬乃的同班同学，每天，她们都聚在一起，过着充满了快乐的校园生活。
在这一续集里，主要描写的是一群围棋少男少女们如何面对前辈们留下来的恩恩怨怨，如何面对他们的友谊，如何面对发生在他们之间的情感冲突，导演把追求理想做为了全续集的重点，细腻的人物心理刻画和情感的塑造，进一步拉近了与现代青少年生活间的距离。新的续集中除了原女棋手方百花外，还增加了开小棋馆的女主人小芸，为能参加国手大赛而女扮男妆的 “陈公子”，及日本的“小百合”，使原本钢劲硬朗甚至有些残酷激烈的故事一下平添了几分柔美几分温情。 续集把“和谐”这一主题上升到一个高度，既表现为少男少女间的友谊、棋手间的关系，又更深层次的表现为一种亦敌亦友的态度、宽广和睦的人生境界、国与国间的真正情谊。 续集在围绕小主人公江流儿成为“围棋英雄”的情节设置中，还安排了一个“野蛮”的围棋少年高手“棋鬼王”，在日本少年棋手黑木与日本新“名人”组成的围棋三人组来到了中国时，危机之中凌云寺里的江流儿和“棋鬼王”抛弃前嫌与女棋手方百花组成了新三人组，于是挑战、迎战，一场惊心动魄的围棋大战，伴随着一件件让人始料不及的事件终于爆发了
一代武帝被害而陨落，万年之后重生在一位名为秦风的少年身上。觉醒无上神魂，修炼无上武道，从此风起云涌与无数天骄争锋，诸天万界都将因为他的回归而颤抖！
