自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
少年味吉洋一继承了亡父遗留下来的「日之出」食堂，他虽仍是个小孩, 但是他对烹饪有浓厚的兴趣，在机缘巧合下他认识了厨师协会的统帅，人称「味皇」的村田源二郎，更被味皇选中担任味皇料理某部门的主任,因此他不得不接受各人各项的美味比赛……
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