自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
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故事发生在一个风景宁静而又秀丽的小镇上。富户桃子（立花理香 配音）是一个个性活泼开朗，天真可爱的女孩，只是有时候可能过于天真了，天真到有些天然呆的程度。涩泽涩美（岭内知美 配音）是桃子青梅竹马的玩伴，两人在小学时代就认识了。和桃子的热情不同，涩美的个性有些冷淡，但实际上内心里还是非常善良的。古井真由美（久保由利香 配音）是刚刚转来的转校生，特点就是拥有异于常人的粗眉毛，无论是长相还是性格都非常的人畜无害。故事就围绕着这三个女子高中生展开，每一天都日常都因为有彼此相伴而变得格外温馨
