自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
战斗分满级却一心赴死、渴望养老享乐的反差萌恶龙——魔界第一弑天王艾尔，因撞上城府满分的人类魔法师乐菲，阴差阳错变身养育乐菲之子迪诺的超级奶爸。迪诺会是一个普通而幸福的孩子，还是会勇敢举起勇士圣剑、直面自己的命运呢……
