自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
和身为学生会会长，在学校里处处受人瞩目的姐姐夜之森红绪（松井惠理子 配音）不同，无论是外表还是性格，夜之森小红（照井春佳 配音）都只能用“普普通通”来形容，然而，在十六岁生日那天，家中的两位不速之客彻底改变了小红平静的生活。沉默寡言，存在感薄弱的三峰白夜（羽多野涉 配音）和个性傲娇逞强的妹妹三峰真白（吉田有里 配音）成为了小红家里的住客，而白夜的另一个身份，竟然是小红的未婚夫。不仅如此，白夜还成为了小红班级里的转校生，就连在学校里也如影随形！家里突然多了两个人，什么事情都变得复杂和麻烦起来，面对这突如其来的状况，小红会怎样应对呢？
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系列动画短片《阿巳与小铃铛》，展示了阿巳与小铃铛这对小情侣，令人捧腹的生活小轶事。
