这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
这是一部少年英雄成长史，以虚拟的“九州”世界为背景，讲述吕归尘、姬野、羽然等不谙世事的少年历经磨砺与坎坷，执着奋斗，携手互助，成长成熟，并发展出几段撼天动地的友情和爱情故事。北陆青阳部世子吕归尘作为质子来到东陆结识了一直不受父亲喜爱的庶子姬野，以及跟着爷爷避难而来的羽族公主羽然。三个小伙伴在太子学院中因身份原因饱受针对和挑战，在相互帮助和拯救的过程了建立起深厚的友谊，而羽然的开朗活泼洒脱个性也得到两个男孩的暗中倾慕，青涩的爱情正在萌芽。离国霸主赢无翳携天子以令诸侯，吕归尘、姬野、羽然追随一代忠将息衍等人发出正义之师，决战殇阳关，不料殇阳关之战的背后另有大阴谋。危难之际，少年们奋死而战，成长为一代领袖。
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。
