这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
职员
天才少年古云，因为被上古神族中下神印，导致灵力减弱，成为青山门公认的废物，被贬为杂役。父亲因此被牵连，废除族长之位，囚禁在敌人飞卢家族的天牢里。这时古云发现了自己身上隐藏的秘密，并且跟古神达成合作协议。
白云川市。一个除了学园都市之外，毫无特色的城镇。人们努力振兴城镇，吸引游客，但一切努力都失败了。然而，他们最终却以意想不到的方式吸引了公众的注意。一个行事粗鲁却又责任心强、干劲十足的可靠青年。新海翔。他原本过着普通学生的平静生活，但当白蛇津云神社的神器遭到破坏时，翔的日常生活发生了改变。在阴影中，存在着觉醒了超能力的少年少女。他本应只是生活在毫无特色的城镇里的另一个普通学生。他卷入了由拥有超能力的人展开的奇异命运……
故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
