这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
女主因不明原因掉进了狐约系统，需要做任务才能回到她原先的世界
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
在末世中挣扎苟活的叶鸣，在生命停止的瞬间，他回到了十年前那个一切开始的下午，熟悉又陌生的城市，轰鸣而来的神秘战舰，充满未知的轮盘，还有各种可怕的诡异生物。和前世不同的是，叶鸣这次下定决心，带着他十年的末世生存经验坚强地活下去！他要找寻末日轮盘和诡异降临的答案，不负重生！
