这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
千百年来，女娲与原始天魔分别代表着正义与邪恶，自女娲创造出人类那天起，正与邪的较量就从未停止过。为统治人类，天魔派出天地盟主将神兽魔化，攻下了玉龙国。南宫城主南宫逸差遣儿子南宫问天和女儿南宫问雅代表自己到民间帮助受难的众生。兄妹二人各有绝活，他们和玉灵龙一起与天地盟主展开了殊死搏斗。杀至你死我活之机，神兵兽兽破壳而出，演化为神兵天晶，他与问天兄妹、玉灵龙一起，决意打败天地盟主，救出身处险境的父亲。于是，他们一路收集神兵神兽，历经千难万险，向邪恶势力发起了进攻......本片取材于香港漫画大师黄玉郎的《神兵玄奇》。
