这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
三个同名的朋友的古怪日常生活。
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
地球灵气复苏，强者崛起，少年林天却因爱人背叛惨死，连挚友也受牵连含恨而亡。临死前，他觉醒神秘灵气系统，意外重生到灵气复苏前夕。怀揣前世的痛苦与仇恨，林天誓要改写命运，守护挚爱，踏碎仇敌！踏上巅峰！
全人类都有麻烦了！ ？
