这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
未尚书千金未依依自认天生丽质，但她的秀女像却被皇上以“不好看”为理由打回，气不过的未依依决定进宫，碰巧赶上皇宫的如意馆甄选画师，于是她便女扮男装混入考生中，在入馆考试时因为丑化皇上引起了瑞王的注意，以恶搞皇上为乐趣的瑞王将未依依收为徒弟，从此师徒开始联手搞事。在与皇上接触了几次后，未依依发现他并不是那么不近人情，然而她刚刚对皇上改观，就又被他攻击了颜值，未依依恼羞成怒，发誓用真才实学令皇上刮目相看。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
前一世，丹圣秦逸尘虽然拥有着冠绝大陆的丹术，名震天下，但却因为武道造诣平庸，只能眼睁睁的看着仇敌欧阳昊天夺了自己爱人风千雪的武魂，在自己眼前杀了风千雪和他的兄弟澹台朔。
