这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
末世降临，流浪的秦枫占领了一片能自己长出武器和弹药的神奇农场。他救下了被曙光基地赶出的灵岚、阿青、小禾三个女孩，面对曙光基地篡位者赵海和铁壁基地独裁者霍振武的侵略，秦枫等人依托神奇农场的出产，一次次将敌人打退。不但粉碎了坏人们夺取农场的阴谋，更是联合星云基地击毙了霍振武和赵海。最终，秦枫带领三个女孩回到曙光基地，从此农场也不再种植武器而成了人类复兴的火种。
